O topônimo Mulungu é uma corruptela de palavra indígena Murungu que denomina uma árvore da família das eritrinas que produz uma madeira branco-amarelada leve e porosa, abundante na região.
Os primeiros indícios de apoio eclesial constam de uma capela cujo orago dedicou-se a São Sebastião, então sob o nome de São Sebastião do Mulungu e da respectiva Freguesia. A criação desta, consta de Provisão assinada por D. Joaquim José Vieira, Bispo de Fortaleza, tendo como data 7 de setembro de 1895.